離去的人已經遠去，深夜食堂的故事還在繼續。

這天晚上，小壽叔唸叨着好久沒有看見小龍了，他還說每次看見小龍喫紅香腸就覺得特別美味。老闆問他要不要來一份時，他卻拒絕了，堅持只有阿龍盤子裏的紅香腸纔好喫，而且總有一天他會喫到的。老闆對他的心思心知肚明，照例給他做了一份雞蛋厚燒。

阿龍因爲業務表現特別突出，收到了董事長給予的厚厚的獎金。阿賢旁敲側擊的說自己的女朋友特別上進，考上了新聞播音系，他想給她支援一點。誰料阿龍卻把手裏的獎金都丟給他，還建議他去買一些上檔次的衣服，別讓女孩瞧不起。

阿龍收到董事長的電話，讓他注意提防和阿義在夏日俱樂部談生意的人。晚上，阿龍和阿賢便去了小壽叔的夏日俱樂部，他們不知道的是，有人已經在暗地裏盯上了他們。

小壽叔發現阿龍來自己店裏非常高興，熱情的請他們喝酒。阿賢只顧着看美女，阿龍卻發現一個叫託尼的人在和阿義談生意。原來，託尼想通過阿龍他們的碼頭運一批特殊的貨，並開出了驚人的利潤。阿龍卻說自己管理公司只有只有一個原則，不能做的，不該做的和違反道義的，他是不會做的。阿義將阿龍拉到一邊問他爲什麼不給自己面子，阿龍說應該提防着點託尼，阿義卻只當阿龍是多心，沒有放在心上。

阿義和阿龍是同期進的公司，兩人之間的交情十分深厚，但阿義性格比較急躁，有些急功近利，相比之下，阿龍更加穩重成熟。

這時，有喝醉酒的客人拉着陪酒的姑娘不放，小壽叔急忙過來打圓場，誰料那個客人還囂張要求小壽叔找幾個美女換比基尼來伺候自己，小壽叔無奈說自己穿給他看，男子卻拿起酒瓶就往小壽叔的腦袋上砸，還罵他娘娘腔。酒店的保安想要過來幫忙卻讓小壽叔攔住了，他依舊沒事人一樣安撫客人，還讓酒保多送幾瓶酒過來給他。

阿龍和阿賢卻沒有放過他，兩人將男子扒光扔到了河裏，還威脅他天亮才準上去。辦完事後，阿龍和阿賢到深夜食堂喫東西。阿賢跟食客們炫耀着自己辦的好事，馬玲玲拍案叫好，沒見過這個陣仗的泡麪姐妹卻面面相覷。阿賢誇小壽叔雖然平時看着娘娘腔，關鍵時刻卻像條漢子。話音剛落，小壽叔就嚷嚷着進來了，大喊着自己破相了，還讓馬玲玲趕緊給自己找醫生，如果留下疤痕他就不活了。

阿賢得意洋洋的對小壽叔說以後他的店有自己罩着，小壽叔卻不領情，還說阿賢只是個小屁孩，連長幼尊卑的規矩都不懂。馬玲玲笑他小題大做，誰料小壽叔轉身就對阿龍說，他盤子裏的紅香腸看起來很誘人，自己能不能嘗一嘗。衆人都在等阿龍的反應，出人意料的，阿龍卻將盤子推給小壽叔，讓老闆重新給自己上了一盤。

衆人離開後，一向沉默寡言的阿龍卻和老闆談起了小壽叔，說他一個人經營一家店很不容易。老闆說以前小壽叔還有當廚師的兒子幫他，但可惜的是他兒子出了車禍，後來老婆也去世了，就只剩下他一個人。他店裏那些男孩女孩都是沒地方去的孩子，是小壽叔收留了他們，將他們當成自己的兒子女兒一樣。阿龍問小壽叔常常打扮的十分妖豔，是不是有隱情。老闆卻急忙否認了，還說以前小壽叔老婆也這樣，兩個人經常花枝招展的過來喫東西。

芸小姐查資料得知阿龍的公司是整個港口最厲害的公司。小壽叔卻說兩人都不是什麼壞人，阿賢常常穿着皮夾克將自己打扮成壞人，但其實不是什麼壞人。阿龍雖然看起來兇狠，但是個非常講義氣的人。小壽叔還說阿龍這樣的個性他是最熟悉的，跟他的兒子像極了。

慢慢的，阿龍和小壽叔的關係越老越好，漸漸也能聊一些閒話。託尼來到深夜食堂找阿龍，他想和他繼續談那批貨的事情。託尼說如果阿龍同意，他可以將阿義那部分給他，讓他提四成，而且自己會幫他處理阿義的問題。

走的時候，老闆委婉的告訴阿龍，連美食都不喜歡的人，不值得信賴。阿龍表示自己同意。託尼的糾纏讓阿龍最近的心情都不是很好，更糟糕的事，這件事還驚動了刑警。以前與阿龍打過交道，被他成爲“蒼蠅刑警”的年輕人找到了深夜食堂，含沙射影的說自己知道十號碼頭會進一批不單純的貨。他還犀利的問老闆眼睛上的刀疤是怎麼回事，直言深夜食堂是一家掛羊頭，賣狗肉的黑店。老闆沒有生氣，解釋自己店裏只是做些家常小菜。隨口點了一瓶啤酒和大鍋菜，蒼蠅刑警的目光卻一直都在注意着阿龍。

晚上，阿龍和阿賢又來到深夜食堂喫東西。小壽叔說最近撞上了凶日子，還邀請阿龍和自己一起去拜拜佛。阿龍冷淡的說自己沒空。這時，一旁看熱鬧的阿賢接到了胖德的電話，胖德話沒說完就掛了。原來，阿義帶着託尼去十五號碼頭看貨了。阿龍聽完立馬帶阿賢衝到了碼頭，兩人剛剛離開，蒼蠅刑警就來了。原來，蒼蠅刑警的線人打聽到，阿龍公司的人要幹掉他。小壽叔一聽，急忙騎着電動車追了過去。

果不其然，阿龍和阿賢被託尼和阿義埋伏了。阿龍不備被胖德在腰間刺了一刀，鮮血直流。兩人開車想要逃跑，卻被胖德開着一輛大貨車將車撞翻了。兩人被困在車裏，託尼拍着阿義的肩膀，說自己答應過幫他處理好阿龍，說完就開車準備撞向兩人。正當兩人絕望之際，小壽叔騎着電動車擋在前面，說自己決不允許別人傷害他們。正當小壽叔和託尼周旋之際，警察趕了過來，阿龍和阿賢終於脫險。

託尼和背叛阿龍的那幫人都被警察抓了起來，阿賢傷勢較輕，還來到深夜食堂喝酒和衆人吹噓。有人問蒼蠅刑警那麼費心救阿龍，是不是兩人有什麼關係，甚至猜測阿龍是臥底。

阿龍向董事長求情，說阿義只是受了別人的挑撥，還說讓自己承擔他犯的錯。董事長說阿義已經承擔了後果，還說阿龍是個正直的人，他也很器重他，但也讓他注意不要顯露自己的弱點。

阿龍受傷期間，小壽叔無微不至的照顧着他，經歷過這場生死患難，兩人的關係也越來越親近起來。

蒼蠅刑警——李警官又來到深夜食堂。他問阿龍每次來是不是都點紅香腸，老闆說是的。李警官說這麼多年，那傢伙還是沒忘。老闆好奇地問兩人之間是不是有什麼交情，李警官則否認說自己是警察，怎麼可能和他有關係。李警官又一次問其老闆臉上的刀疤，老闆說自己是天生的。李警官說自己會一直盯着老闆的，然後點了一份大雜燴。

老闆沒有追問李警官和阿龍的故事，他知道，其實深夜食堂的每個人都有自己的故事。食客們來來去去，只有老闆一直守在這裏，每天零點到八點，用美食傾聽別人的故事。