毛澤東意識到事情的嚴重性，立馬帶着沈雁冰前往蘇聯代表團駐地，從而瞭解到今晚政變的來龍去脈。數小時前，蔣介石擅自逮捕李之龍，扣了中山艦，包圍省港罷工委員會，繳工人糾察隊的槍，關押黃埔和第一軍的共產黨員們。

而在另一邊，周恩來獨自去找蔣介石，在面對蔣介石的厲聲質問，直言不諱點破他借題發揮搞兵變。果然蔣介石不再做任何僞裝，自認爲對革命一顆丹心日月可鑑，到頭來竟被汪精衛猜忌對付，令他不得不選擇以這種方式自保。

奈何周恩來給蔣介石分析嚴重後果，蔣介石已經聽不進勸，下令將其關押。毛澤東收到消息後，分析當前局勢，雖然蔣介石看似手握軍權，但各軍之間都與他有利益衝突，未必聽他指揮。

所以毛澤東等人想要儘快救出周恩來，在這件事情上給出迴應，認爲可以利用葉挺獨立團、工人糾察隊，以及農運的力量進行反擊。蘇聯代表們一時之間難以做出抉擇，希望毛澤東他們再等一等。

正因共產黨和汪精衛遲遲未見動作，使得蔣介石頗感得意。第二天早上，一切恢復如常，蔣介石命人放了周恩來，可週恩來怒氣衝衝來找他，發現他已經不在屋裏。此時蔣介石來到譚延闓公館，向大家解釋自己這麼做的原因，藉口推卸責任，變相試探譚延閻等人的態度，並且要求他們繼續保持中立，聲稱自己會找蘇聯人解釋。

經此一事，蔣介石愈發得寸進尺，國共合作的局勢也變得更加複雜。周恩來回到蘇聯代表團駐地，與毛澤東他們商討蔣介石接下來的計劃，堅定要作出反擊，絕不能妥協退讓。共產國際卻不贊同這一觀點，建議應該與蔣介石進行談判。

汪精衛已經受夠蔣介石的說辭，決議要對蔣介石興師問罪，警告衆人絕不能姑息養奸。可偏偏蔣介石已經跟蘇聯人談妥，莫斯科答應了蔣介石三個條件，分別是：李之龍撤職查辦；共產黨員退出第一軍；季山嘉立刻返回莫斯科，由鮑羅廷和加倫代替其職。

眼看着汪精衛身邊的靠山都難以自保，譚延闓等人見風使舵，又忌憚蘇聯人的軍事援助，對於汪精衛的決議十分模凌兩可，甚至替蔣介石說盡好話。1926年3月，汪精衛憤而休假出國，實則逃離風波，譚延闓代理廣州國民政府主席。

不出所料，很快黃埔軍校內開始清黨，蔣介石召集全體年輕將領，願意給他們兩天時間考慮，只要願意退出共產黨，保證會日後一視同仁。蔣先雲和陳賡等人紛紛舉手，憤然退出國民黨，令蔣介石感到震驚詫異。

眼下已有二百五十多名同志退出第一軍，毛澤東與周恩來、陳延年商量，希望能夠保存力量，將這些同志調到廣州其他各軍。陳獨秀陷入深深地懊悔之中，反思自己把孫科、戴季陶送回廣州，親眼目睹同志們被國民黨猜疑排擠暗算，仍是一腔赤誠爲他國民黨壯大鞠躬盡瘁，本身就是一個錯誤。

通過這件事情，陳獨秀徹底看清國民黨的本質，一旦蔣介石控制了權力，從此再無共產黨生存空間。果然國民黨內部發起《整理黨務決議案》，裏面要求共產黨在各高級黨部人數不得超過三分之一，更不得任國民黨中央各部部長，國民黨員未獲準脫離黨前不得加入其他黨籍，而且加入國民黨的共產黨名單需由國民黨中央保管。

衆人齊聚中共廣東區委辦工地，以毛澤東爲首等人怒斥這種不平等決議，拒絕簽署整理黨務案。張國燾還想要勸說毛澤東，表示中山艦尚未查出真相，他們就沒辦法理直氣壯，但是毛澤東深知蔣介石已經贏得盆滿鉢滿，永遠都不會有公開真相的一天。與此同時，蔣介石焚燒了日誌，由此成爲大革命時期國共關係發展的重要轉折點。