李景隆主張讓朱棣即登上位，朱棣自然不能讓他人坐實自己反叛罪名，所以一開始並沒答應。朱棣下令捉拿黃子澄和齊泰等奸臣，有舉報緝拿者賞，有包庇者，與奸黨同罪。馬和按照朱棣的要求，祕密挑選十二位中官和一百一十三位錦衣衛，三日後即可上路。朱棣說，無論朱允炆是生是死，他都不想再看見他了。

這次朝廷敗了，歸順官員有二十三人，棄官而逃者有四百六十人，朱棣早就料到會是這樣的結果，他讓朱能三日後請夏原吉過來。朱棣給夏原吉看了前元疆域圖，他有重新經營北線、改土歸流的想法，夏原吉直言，朝廷打仗花費甚多，已經無力再興戰。朱棣瞭解他的爲人，也知道他會跟自己翻賬本，所以他早就想好，讓夏原吉去江南治理水患，並且和他約法三章，在諸業興旺、百姓安康之前，他絕對不興大兵。

夏原吉十分佩服朱棣，決定爲他效力，還趁機勸諫他欲成大事，首在人和。翌日，朱棣命人帶方孝孺進宮爲自己草擬登基的詔書，可方孝孺不識擡舉，寫下燕王篡逆四個後吐血，朱棣讓人把他帶下去。當看到旨上所寫之字，他十分惱怒，下令明日對齊泰等人及其家眷，明正典刑。公元1402年，明洪武三十五年六月，燕軍破南京城，建文帝朱允炆不知所蹤，作爲勝利者的朱棣，以窮治奸黨爲名迭興大獄，齊泰、黃子澄、方孝孺、練子寧等建文朝大臣，爲朱棣所殺，殉難者衆，情形慘烈，當爲壬午年，史稱“壬午殉難”。

奸臣的家眷被充入教坊司，徐妙錦驚詫不已。朱棣抓了鐵鉉，但對他並無責怪，反倒是希望他能來幫自己。然而鐵鉉已非當初的鐵鉉，朱元璋賜字後，他就名爲鐵鼎石，行事作風和處事態度，已經和朱棣天差地別。鐵鉉效忠於興宗皇帝（朱標），如果他要登基，那麼絕不能再留興宗皇帝的名號，而忠臣不能侍二主，鐵鉉不願與朱棣同路了。朱棣本想留他一命，發配海南，可鐵鉉已經一心求死，朱棣如了他的意，下令將他斬殺。匆匆趕來的道衍，到底還是晚了一步。

朱棣準備懲治第二批逆臣，徐允恭的名字在列，朱棣沒有打算要殺他，但決定將他幽禁府中，閉門思過。徐妙雲已經失去了一個弟弟，朱棣還要這樣對徐允恭，她崩潰大哭，朱棣承諾會善待增壽的兒子。朱棣將自己的年號定爲永樂，次日準備即位，翰林編修楊子榮提醒他先去謁陵，朱棣這才記起來，讓人轉身去陵墓，拜完之後又去了東陵，抱着朱標的牌位大哭。七月，朱棣在南京繼皇帝位，是爲大明永樂皇帝，由此開啓了煊赫一時的“永樂盛世”。

十二萬軍民，十月辛勞，在夏原吉的帶領下終於治好水患。朱棣下旨疏水所經縣，蠲免永樂二三年的賦稅。朱棣即位兩年多，雖有求治太速之嫌，但經營海外、創設內閣、昌明文教、削除諸藩，大明已經是蒸蒸日上之勢。京中也已經在造寶船，後來夏原吉問起學生楊子榮此事，楊子榮表示朱棣想大有爲。夏原吉轉移了話題，談到陛下讓楊子榮改名的事。夏原吉回京，碰上朱棣要和內閣議事，沒能見他。看到榮國公來了武英殿，夏原吉猜到他們要商討漠北之事。