杨涟和魏忠贤斗了让这么多年，尽管百姓对魏忠贤的罪行人人皆知，可只有见到皇上才能彻底除掉魏忠贤，否则就是一纸空文。皇上刚上朝，魏忠贤就跪在宫门外大呼冤枉，皇上赶忙把他叫到一边，魏忠贤哭诉自己当年舍命救皇上的壮举，想辞官回家，皇上却毫不领情，质问那二十四宗罪是否属实，魏忠贤矢口否认，还让薛公公把那本奏折念给皇上听，皇上担心有诈，就派太监王体乾去文华殿找一份杨涟参奏魏忠贤的折子，并让他一一读出来，没想到王体乾拿到的也是魏忠贤派人修改的那一份，里面的二十四宗罪都是鸡毛蒜皮的小事，皇上当场赦免了魏忠贤，还对他好言相劝，让他继续留在宫中效力。

袁崇焕关宁防线已经牢不可破，祖大寿的骑兵队也厉兵秣马，初见成效，孙承宗决定派兵向锦州方向挺进，然后再向北延展，一直把努尔哈赤的地盘全部吞并，满桂却提出异议，想把努尔哈赤的部队引到宁远，然后一举歼灭，可袁崇焕却觉得努尔哈赤不可小觑，而且还有范文程辅佐，不能孤注一掷，只能一点点挺进，孙承宗却觉得努尔哈赤最怕的拖，程本直提议先用袁崇焕的计划拖住努尔哈赤，直到他弹尽粮绝，在按照蛮贵的方案一举歼灭他们，孙承宗同意他的提议。

杨涟没有扳倒魏忠贤，他已经彻底心灰意冷，魏忠贤开始了大肆报复行动，把那些弹劾过他官员全部处死，魏忠贤为了感谢王体乾的救命之恩，派崔御史给他送去金银珠宝。崔御史翻遍了文华殿的奏折，发现孙承宗报给兵部的奏折有问题，立刻拿来交给魏忠贤，孙承宗在奏折里暗示魏忠贤在背后指使杜英魁贪墨一案，崔御史提议就告孙承宗，熊廷弼和杨涟等人结党营私，企图谋反，眼看杨涟大势已去，就来个杀人灭口，也就坐实了孙承宗避重就轻的罪名，魏忠贤决定先除掉杨涟等人，还故意为他请功，让皇上对他进行封赏，等事情办妥，在全力以赴对付孙承宗。魏忠贤派人去抓杨涟，他早就等候多时，还为自己准备了棺材，梁廷栋来杨府，正好看到杨涟被抓走了。魏忠贤还下令封锁消息，绝不能让孙承宗得知此事，袁崇焕顺利攻下锦州城，孙承宗很开心，他们三年前的夙愿终于实现了，袁崇焕想在城门立上百门大炮，就可以防范努尔哈赤来犯。

梁廷栋冒死出关，向孙承宗一一汇报了杨涟等一百多官员被杀的事，他立刻带兵返回京城。魏忠贤得知此事，知道自己危在旦夕，只好先下手为强，向皇上求救，口口声声称孙承宗带兵谋反，逼宫篡位，皇上坚信孙承宗的为人，魏忠贤担心孙承宗回来杀他，苦苦哀求皇上救命，皇上不胜其扰，只好让孙承宗带兵回辽东。

代善亲自带兵攻打锦州，离锦州还有80里安营扎寨，赵率教立刻派人向袁崇焕请求支援，袁崇焕派满桂去锦州侧翼设伏。代善等二贝勒阿敏还有十里的时候对锦州开始进攻，袁崇焕早已做好了战斗准备，他一声令下，百门大炮一起拉响，代善的兵马被炸得人仰马翻。魏忠贤得知孙承宗只带了一个书生，现在已经到了通州，魏忠贤立刻派许显纯赶过去传皇上谕旨，让孙承宗立刻返回上海关。

许显纯向孙承宗传达了皇上的谕旨，孙承宗气得咬牙切齿，梁廷栋猜到魏忠贤就是想激怒孙承宗，担心此去京城凶多吉少，苦苦规劝他不要冒险。二贝勒打退了满桂的兵马，袁崇焕让谢尚哲带骑兵把阿敏银刀锦州城下，他又让罗立把城楼的打炮集中起来，一旦代善再次攻城，就全力以赴炮轰他们，可是火炮刚刚炸膛，不能重复使用，袁崇焕亲自点燃炮弹。

孙承宗只好和梁廷栋返回山海关，可他很不甘心，觉得没有脸面见杨涟等人，梁廷栋对他好言相劝，劝他回去主持辽东局势。魏忠贤本想让许显纯激怒孙承宗，断定他一定会到京城大闹，魏忠贤就趁机治他的罪，没想到孙承宗竟然返回山海关，他很不甘心，客氏提议趁机除掉杨涟等人，以绝后患，许显纯连夜带人来到诏狱。