所有事情的起因還要從2004年，孫晨被捕後說起。原本李瀾和杜朝陽計劃產品銷售後，化工廠就申請破產，逃避責任。可偏偏付吉亮接到一通威脅電話，打電話的是一家科技公司，他們對化工廠裏的事一清二楚。因爲孫晨掌握着某種分子式，該公司又急需孫晨協助研發藥物。故而威脅李瀾三人，還孫晨清白。

無奈之下，杜朝陽出面，對警方謊稱是他經廠長的手，把錢借給孫晨，偷竊保險櫃只是誤會。孫晨出獄後立刻被科技公司接走，該公司總裁也信守承諾，從國外進口藥物爲孫曉萌穩定病情，並把孫曉萌送去福利院照顧。

之後的一年裏，孫晨都軟禁在祕密試驗室，沒日沒夜的工作，只盼着早日研發成功，早日接女兒回家。只是他研究的藥品並非公司所要求的，而是用於治療孫曉萌的特殊藥物。當藥物研發成功，孫晨就與女兒約好一起離開綠藤市。到了約定日期，孫晨利用化學知識，炸燬試驗室，製造混亂出逃。

孫曉萌滿懷希望，等着父親來接自己。可偏偏孫晨開車駛過路口時，因後面有科技公司打手追趕，方向控制不穩撞翻了垃圾桶。張海峯上班路上恰好撞見，立刻加大油門追了上去。快到火車道口時，後方車輛撞擊孫晨的後輪。孫晨車輛失控，被火車撞飛，張海峯下車想救人，卻已爲時太晚。孫曉萌遠遠的看到了這一幕，在她幼小的心靈裏，認定是張海峯害死父親。仇恨的種子，從此埋在了心底。

一場誤會，讓孫曉萌產生了錯誤的念頭。爲了不讓孫曉萌雙手沾染鮮血，趙彬彬做了所有髒活。最後，他投身江水之中，清洗身上的罪孽。爲了讓孫曉萌忘卻仇恨，劉雨奇捨棄了生命。

而所有的所有，不論張海峯的家庭慘劇，還是孫曉萌爲父報仇，都只是劉雨奇進行的一項記憶療傷實驗。每當記憶陷入危機時，所有記憶就會重置，在新的人生中尋找解決困苦的方法。得知一切真相後，作爲第一批志願者，張海峯中止了實驗。他要回到2004年的現實中去，在一次次人生抉擇中，選擇最正確的那一項。

(全劇終)