秦國瘟疫流行，秦王斥責呂不韋和陽泉君，爲何今日才上奏此事，兩人只好辯解，本以爲是普通的流民，誰也沒想到竟然是瘟疫所致。秦王略一沉思，咸陽是大秦的國都，如今國都動亂，非同小可！陽泉君有意逃避，便將處理瘟疫的事務推給呂不韋，還給呂不韋戴上了高帽子，加上嬴異人，也就是嬴政的父親，也在一旁認可呂不韋的能力，秦王便將此事全權交給呂不韋。這下子，呂不韋進也不是，退也不是，只能硬着頭皮接下這個燙手山芋。

如今，咸陽城內民不聊生，只能希望神醫出現，醫治瘟疫之症，呂不韋聽說鄒衍帶着徒兒來到咸陽，不禁大喜過望，準備向鄒衍老先生求助。另一邊，星雲以琴清的身份在秦國行醫救人，她本來就是一個善良的女子，看不得百姓受苦，不顧自己有被傳染的危險，衣不解帶地照料病人，百姓們紛紛跪下，感謝救命之恩。這天，星雲正在開藥方，忽然被呂不韋派人請到府中。

星雲見到呂不韋府中點燃着龍涎香，不禁非常驚訝，因爲龍涎香是趙國特產，十分珍貴，每年產出寥寥無幾，沒想到在呂府竟然得見。這時，呂不韋緩緩走出，他讚歎道，沒想到大名鼎鼎的琴清神醫，竟然是個年紀輕輕的小女子。星雲直視着呂不韋的雙眼，開口直呼他的名諱，呂不韋愣住了，他仔細打量着星雲，詢問她和元宗之間的關係。星雲的眼睛漸漸紅了，感到胸口劇痛襲來，呂不韋也非常激動。原來，呂不韋竟然是星雲的親生父親！當年，呂不韋被迫將星雲母子託付給元宗，後來相隔天涯，再也不曾相見，沒想到如今卻在咸陽城內見到，呂不韋分外欣喜，但星雲不願認這個父親，在她心裏，父親拋棄妻女，不可原諒。

另一邊，在烏家堡中，連晉正在磨鍊兵器，指導士兵。烏堡主非常滿意，他很喜歡連晉，也認可這個小夥子成爲自己的女婿，奈何烏廷芳心有所屬，烏堡主雖然身爲父親，也無法勉強。而此時，項少龍正在呂府中閒逛，沒想到遇見了星雲，他得知眼前的女子名爲“琴清”，非常喫驚。趙盤晃晃悠悠也來到了咸陽，他沒有要趙穆的盤纏，所以窮困潦倒。趙盤無意中得知，鄒衍先生的弟子就在城內治病救人，便猜測這神醫就是琴清。

在秦國王宮之中，秦王病怏怏地跌坐在地上，經過醫生診治，秦王確定患上了瘟疫，王宮頓時陷入了慌亂之中。爲了平息瘟疫，秦國士兵開始在街上抓捕患病的百姓，將他們全部關押到若水村，隔離起來，趙盤雖然沒有患病，但他衣衫襤褸，也被當做乞丐抓進了若水村。秦王還命令呂不韋在十天內治好瘟疫，否則貶爲庶民。陽泉君得意洋洋地來宣讀旨意，呂不韋氣得牙根癢癢。

當星雲得知百姓們被關押在若水村後，她義憤填膺，說什麼也要前往村莊。呂不韋百般不願，他可不想讓愛女置身險境，但卻拗不過倔強的星雲。當星雲在呂府內晾曬藥材時，和項少龍偶遇，但是星雲擺出一副冷冰冰的樣子，拒人於千里之外。曬完藥材，星雲便啓程前往若水村，項少龍護送她前行，結果意外遇到荊俊，幾人還在若水村找到趙盤。。另一邊，李原送給趙雅一些龍涎香，趙雅非常高興，而趙穆卻還在打着連晉的主意，希望連晉能夠被自己所用。