民國初年，燕子門新燕子李三第十二代掌門人李耀被叛徒出賣，落入宛城巡防長官虞大壽之手，虞大壽爲防李耀逃跑遂將其大筋挑斷。

街頭鬧市，說書藝人"鐵嘴霸王"正慷慨激昂地講述大名鼎鼎的江湖好漢燕子李三的傳奇故事，聽衆中，一個衣衫襤褸的小男孩聽得格外出神。不料，書場被虞大壽帶兵查封，小男孩奮起反抗卻被虞大壽打翻在地。

燕子李三行刑這一天，沿途擠滿了送行羣衆。李耀師弟李顯帶着衆徒弟混雜在羣衆中伺機而動。這時，小男孩捧着饅頭衝到囚車旁給老燕子李三送行。虞大壽見又是小男孩來搗亂不由大怒，鞭打小男孩，現場陷入混亂之中。李顯見狀趁機動手，將囚車劫走。逃亡中李耀不幸中槍，死於非命。

李顯徒弟李雲飛和李雲馨撤退時，被小男孩緊隨至客棧，小男孩兒自述對燕子李三的崇敬，向李顯磕頭拜師。李顯因無法考察其來歷，在小男孩磕頭之際帶着雲飛雲馨悄然離去。

李顯得知李耀所攜掌門信物"燕子金鏢"被虞大壽高懸於城門之上，以誘捕燕子門師徒。明知是圈套，李顯卻仍要將掌門信物奪回。他自己引開埋伏的部隊，派雲飛和雲馨去拿"燕子金鏢"，不料虞大壽早有準備，雲飛和雲馨陷入困境。關鍵時刻，小男孩挺身而出，協助雲飛拿到了"燕子金鏢"。

小男孩再次拜師，向李顯講述了他的悽苦身世，原來虞大壽與他有殺親之仇，他爲報仇一心想拜在燕子門下。李顯感嘆小男孩的膽識，一摸骨相，發現是塊練輕功的好材料，遂在客棧將其收入門下，爲他取名"李雲龍"。

爲了引開虞大壽派來的追兵，李顯與衆江湖人士進行了一場殊死搏鬥，不幸在打鬥中身負重傷，危難中被日本醫生五鹹長滿所救。李顯傷愈後應允爲五鹹辦三件事以報答其救命之恩，並留下三枚黑色燕子標誌作爲憑證。

一晃數年，燕子門新燕子李三第十三代弟子李雲飛、李雲馨、李雲龍都已長大成人，新一代燕子三傑重出江湖。