森林中，匪徒麦斯凭着自己的地理优势，他们将前来的国际刑警一举击败，就连凌风也中了麦斯的招，从高处摔落在地。另一边，国际刑警倾巢而出，另一拔匪徒趁机偷袭警局，成功地将坦克救出。凌风醒来，他浑身狼狈地来到河边，突然一道身影靠近了凌风，凌风凭着自己的本能向来人射枪，直到转身之时，凌风这才发现自己射中之人竟然是樊毅。樊毅掉下河流，凌风想抓住樊毅却无济于事。恰逢马来西亚正在遭受着全日蚀，凌风在河边晕倒过去。

五天后，凌风在香港醒来，他从医院口中得知他整整昏迷了五天，且体内有一种不名的毒素。这时，简文珊带着重案组的成员怒气汹汹前来质问凌风，他们从一名殉职警官的身上搜出了一份影片，影片里清楚地看到凌风射杀了樊毅。凌风不相信樊毅已经死亡，警员称他们虽未找到樊毅的尸体，可已经在下游找到了他的衣服。除此之外，警方还在凌风的家中搜出了两百万现金，凌风的身上有过吸毒的痕迹，他们怀疑凌风勾结毒贩，出卖情报，且杀害樊毅。凌风没有做过这些事情，但全警局都不肯相信他，他只好保持缄默，一心想见自己的律师。

简文珊独自回到家中，她想起了自己与樊毅度过的点点滴滴以及樊毅给过自己的浪漫惊喜，心中更加难过，誓要找出杀害樊毅的凶手。病房中，凌风回想起在马来西亚的一切，也惊觉自己在拉着樊毅衣服的时候听到了避弹衣撕扯的声音。

樊毅下落不明，简文珊从鉴证科得知，樊毅必定无法生还。凌风开枪已成事实，简文珊认为凌风必是杀害樊毅的凶手，康警官出言替凌风说话，认为凌风定不可能做出这种事情，可简文珊却只认证据。凌风的伤势已经无碍，简文珊想将凌风押回警局继续扣留，凌风将樊毅可能穿着避弹衣的事情告诉简文珊，简文珊却不相信，执意将凌风押回警局。途中，凌风借着要上洗手间为由逃离了简文珊的抓捕，简文珊知道后立即命人搜捕凌风。

简文珊跟踪凌风的妹妹阿雪，凌风扮成出租车司机前来见阿雪，他借阿雪之口让她转告简文珊，他自认清白，所以他一定会查清樊毅的事情给简文珊一个交待。简文珊将凌风的动作告知刘警官，她不仅怀疑凌风要逃去马来西亚，更是怀疑起了毒品调查科的清白，看到简文珊的的冲动，刘警官出言劝诫简文珊，切莫情绪用事。随后，重案组成员调查起了水港的船只，他们从一个线人的口中得知，凌风将在今晚四点乘青衣洪胜船厂的船离开香港。

夜晚，凌风来到约定地点，可却细心地发现警局的人正埋伏在码头边，他通知船上的人员先行开船离开。简文珊察觉不妙，她带着人拦下船只，可上船搜查却一无所获，只好悻悻收队。看到简文珊的离开，凌风方才现身，他乘坐快艇赶去与船只会合，前往马来西亚。

吉隆坡，凌风前来找阿光，这才得知自己的事情连累了阿光，阿光已经被警局革职。阿光想做回警察，凌风劝说阿光帮助自己，简文珊手上的影片少了一些镜头，他想拿回影片的正本，从中找出线索。影片的正本在在国际刑警办公室，阿光想做回警察心切，他假意带着凌风前来见国际刑警的同事，实则是想抓捕凌风。幸亏凌风反应敏捷，机灵地从阿光的手上逃脱。

凌风逃脱的事情传到了康警官与刘警官的耳中，刘警官无奈一叹，称简文珊也借以休假为由，独自一人飞往了马来西亚，二人只希望简文珊在马来西亚不要过于情绪用事。马来西亚 ，阿光回到家中，却意外看到凌风拿枪对准了自己的妻儿，凌风从阿光的口中得知了影片还有另一个镜头之后便离开了阿光家，不再勉强阿光。

简文珊前来国际刑警大厦见郭警官，在郭警官的帮助下，简文珊可以参与樊毅的案件，但却没有任何执行权。郭警官向简文珊透露，除了香港警方得到的那段影片之外，香港警方还得到了另一段影片，但这段影片受损严重，警方正在努力修复。简文珊在等待影片修复的期间，她想见一见阿光，可阿光因凌风入侵家中一事而报了警，现阿光正接受警方24小时的监督，简文珊不便去见阿光。这条线索被中断，简文珊只好提起了黑市酒吧的老板，她与凌风同期受训，所以她十分清楚凌风的查案手法，凌风一定会去酒吧逼问酒吧老板的下落。

郭警官与简文珊一齐来到酒吧，凌风看到二人的身影，他查一半只好匆忙离开。简文珊从店员的口中得知凌风已经来过酒吧，她与郭警官匆忙搜查。凌风打电话给简文珊，他明确地告诉简文珊，他从来都没有害过樊毅，所以他一定会证明自己的清白，简文珊不相信凌风，却再一次被凌风逃离。

简文珊将自己的手机交给国际刑警，让国际刑警监听自己的手机，若是凌风再打电话过来，警方可以靠定位找到凌风的位置。简文珊对凌风十分熟悉，她笃定凌风下一个地点一定会回到案发现场的金保河。为了抓捕到凌风，简文珊与郭警官一同来到金保河，他们在河边发现了凌风的身影，简文珊要求凌风跟她一同回警局，可凌风却执意不肯回去，他深知，若是他现在回了警局，非但证明不了自己的清白，更是找不到樊毅。