郭鴻翔到兗州後馬上召集包括吳興武等在內的多名官員訓話，認爲當中必定有人誣告欽差大臣。通判胡寧和知縣黃耐東、知縣趙興成求見郭鴻翔，承認舉報信是他們三人所發，原因是秦升曾分別和他們談話，名義上了解賑災事務，言語中暗含敲詐之意。郭鴻翔據三人證詞奏明朱元璋。朱元璋決定親赴兗州查辦此案。秦良綱於途中覲見朱元璋。朱元璋準其隨從前往兗州探望秦升。

朱元璋在兗州府衙大堂御審秦升，胡寧、黃耐東、趙興成等人出庭作證。胡寧還招認派往京城給秦家送去書箱的商人王克勤是他的朋友。朱元璋提審王克勤，王在堂上指認命他送書箱回家的就是秦升。在而後的審訊中，胡寧等人堅持原來的供詞。

案情對秦升不利，朱元璋向張子恭詢問秦升的情況。張子恭表示並沒有發現秦升有索取賄賂嫌疑，不過，他透露曾有女子半夜出入秦升的房間。朱元璋無奈之下命郭鴻翔審訊秦升。

秦升在酷刑之下招認曾分別向胡寧、黃耐東、趙興成索賄共計黃金三百四十兩，白銀五百一十兩，以及金銀首飾、珠寶首飾七件。又怕帶在身邊不便。故命胡寧安排商人王克勤替他將財物送往家中。鑑於秦升受刑中腰椎病發作，朱元璋命人將其暫押在獄中。

收押秦升後，朱元璋命張子恭繼續視察賑災事務，而後一行人離開兗州。