鄭成功包圍了南京城，正要攻城之時，卻發現城牆上捆綁着柳圓圓。守城的清將也乞求鄭成功，說清廷的規矩，過三十日城失，則罪不及妻兒，乞藩主寬三十日之限，即當開門迎降！ 鄭成功答應了清將的請求，黃梧卻說不應該顧忌一個女人的生死。鄭成功說你背上不是寫着一爲大明，二爲圓圓嘛。黃梧說國姓爺應該看清楚是大明在前圓圓在後。 明孝陵，鄭成功舉起一杯酒緩緩灑在地上，祭奠先王。這天，他又看見了天上的彩雲。 馬信問鄭成功，南京城的防衛幾乎崩潰，此時不攻城更待何時？"鄭成功說天下皆知我國姓軍是仁義之師，既然已經做了承諾，我們就要遵守。我對南京有抹不去的深情，不能再讓無辜的百姓慘遭滅頂之災。 臺灣阿里山山洞裏，郭懷一和凱茵帶着殘餘的起義部隊躲在山洞裏。何斌趕來告訴大家，國姓爺已經揮師北伐，現在已將南京城團團圍住，不日就會攻克南京，接下來就要揮師東向，收復臺灣。何斌說已經把鹿耳門的平面圖交給了國姓爺，最近再好好測量一下鹿耳門的潮位，確保萬無一失。 南京城外，黃梧已經失去了耐心，他拔箭彎弓射向柳圓圓，柳圓圓中箭從城頭跌落。鄭成功見狀，憤怒地拔劍直指黃梧。 忽然間，吶喊一片，李率泰率援兵趕到，南京城的清兵也殺了出來，鄭軍將士促不及防，損失慘重。陳永華率丐幫弟子趕到，掩護鄭成功撤上戰船。 馬信孤身一人闖到城牆下，他殺退清兵救出了柳圓圓。 鄭成功的戰艦向南撤退，將士們不少掛彩，柳圓圓也昏迷不醒，鄭成功狂呼：天道在哪兒？！衆將見此情景，黯然淚下。 (字幕：3年以後) 沈佺期隱居處，他告訴鄭成功不必太計較一次戰鬥的得失，只要堅持弘復天道，就會有結果的，但一定不要優柔寡斷，兒女情長就難免英雄氣短呀。 鄭家軍處於低潮，軍心浮動，連鄭泰都懷疑國姓爺可能會就此垮了，他暗中讓人另開商號，爲自己留條後路。 鄭芝魁彷彿有看到了希望，他說天天爲了一點糧草和清兵打拉鋸戰，長久下去，鄭成功肯定是消耗不起，黃梧建議他及早做打算。 柳圓圓的傷勢已經痊癒，她拒絕的馬信的挽留，說要到國姓爺府上陪董姐姐。 董夫人上山勸鄭成功說，你能挺住，鄭家軍就垮不了。 議事廳內，衆將領吵成一團，誰也不明白鄭家軍該往何處去。陳永華說服衆將士的支持和理解鄭成功。 陳永華勸鄭成功儘快收復臺灣，驅逐荷夷。鄭成功說眼前必須先消滅來犯的清兵。 鹿耳門港道口，何斌和凱茵戴着斗笠，佯裝正在垂釣，他們騙過了揆一也測量了水道的潮汐變化。 馬得功前往臺灣，希望能支持一部分火炮來對付共同的敵人鄭成功，揆一這次擺起了架子，他說目前還沒有共同的敵人，鄭成功只要和我們進行合理的貿易就不是我們的敵人，至於火炮只要你出得起錢，就賣。馬得功告訴揆一他身邊有鄭成功的奸細。 阿讓瞭解了到何斌受鄭成功的委託，暗中向商船徵收捐稅並鼓動山民囤積糧食，迎接國姓軍。揆一大怒，下令逮捕何斌。在阿甘的掩護下，何斌逃脫追捕，躲到了山洞裏。