毛澤東和彭湃祝賀方誌敏請願成功，方誌敏恭喜毛澤東發表了《湖南農民運動考察報告》，他感同身受報告中深入剖析的農民運動在革命中發揮的重要作用和武裝農民的必要性。毛澤東認爲農民只有建立自己的武裝，才能真正有話語權。現在國共革命魚龍混雜，蔣介石憑藉國民革命軍總司令一躍成爲國民黨裏最重要的力量，他已將共產黨視爲眼中釘。方誌敏還聽說江浙財團虞洽卿給了蔣介石一大筆軍費，所以蔣介石下一步就是與國民黨左派徹底決裂。毛澤東打算儘快給中央建議迅速發展農民武裝力量。

陳獨秀在武漢組織黨內會議，嚴厲批評了毛澤東一意孤行撰寫農民運動考察報告的做法太過火，他明確對國民黨的態度應該遷就忍讓顧全大局。這次會議毛澤東沒有參加。而另一邊，方誌敏在武漢撫院會議上，大力號召大家要深入學習毛澤東的考察報告，指出它對全國的農民運動將起着強烈的激盪使用。

方誌敏在武漢爭取權益的同時，邵式平組織農協人員領導南昌市民遊行，1927年4月5日，段錫朋到上海向蔣介石彙報，江西省黨支被砸毀，程天放等七人全部被抓，蔣介石指示他時機尚不成熟，要繼續忍耐。

中央農民運動講習所正式開學之日，方誌敏告訴學員們，今後的中國革命必定是農民的運動。他號召大家將毛澤東寫的湖南農民運動考察報告深入學習，它對農民革命和農村建設具有極爲深遠的意義。方誌敏囑託毛澤東要讓他們的149名學員像炸彈一樣把江西農民運動給炸開，讓他們繼續走在全國革命的前列！

方誌敏回到南昌，得知朱培德現任江西省主席，他的老同學朱德任南昌市公安局局長，他告訴邵式平，朱德是自己人，他在江西有利於他們開展工作。繆細姩欣喜方誌敏的歸來，告訴他自己已經是黨部的交通員了。

1927年4月12日，蔣介石在上海發動震驚中外的四一二反革命政變，大批工人、農民和共產黨幾百人被捕被殺，一時間上海血流成河。與此同時，廣州也發生了反革命政變，兩千多人逮捕，六百多人被殺。江蘇、浙江等地也相繼以清黨名義，對共產黨和愛國人士進行屠殺，李大釗和其他19名革命者英勇就義。此時江西省黨部工人部長也遇害。劉九鋒告訴大家，蔣介石已成立了南京國民政府，公然與武漢國民政府對立，破壞國共合作，他劊子手的面目已經暴露無疑。郭沫若寫的討蔣檄文被蔣介石扣押。方誌敏打算利用朱培德的容共之心，發動各地農協組織遊行示威，並號召農民自衛軍堅持鬥爭，爲犧牲的同志報仇。

蔣介石發佈了通輯令，毛澤東、方誌敏、郭沫若等兩百人均在通輯之列。方誌敏決定走水路參加黨中央會議，並安排農協以後的工作還是回到豫章大旅社的祕密據點。晚上，細姩擔心志敏的安全，主動提出和他同行，方誌敏毫不畏懼婉言謝絕。

1927年，陳獨秀組織召開了中國共產黨第五次全國代表大會，他在會上提出無產不需要搞武裝鬥爭和政治鬥爭，需要搞經濟鬥爭，建議向西北發展。方誌敏當場反駁黨中央應該深刻反省在四一二反革命政變中的錯誤路線。彭湃指出陳獨秀犯有右傾機會主義錯誤，忽略了同資產階級爭取領導權的必要性。毛澤東提出中國革命不能忽略農民運動的巨大作用，應迅速加強農民武裝鬥爭。陳獨秀則認爲正是因爲中國共產黨成立六年發展壯大，才激怒了蔣介石一意孤行背判革命，他相信中國一定會建立一個蘇聯式的社會主義國家！在共產國際的支持下，陳獨秀當選中共中央委員會總書記。他否決了毛澤東提出的加速農民運動，立即解決農民土地問題的提案。

晚上，方誌敏與毛澤東徹夜長談，他決定執行毛澤東武裝農民運動的提案，利用好朱培德坐鎮江西的機會，加強革命武裝。毛澤東囑咐他要排除干擾，挽救江西和全國得來不易的革命成果。1927年5月11日，方誌敏在武漢長江碼頭與毛澤東依依惜別。二人之後便再沒有機會重聚。

蔣介石離開南昌後，繼續對共產黨人和國民黨左派進行迫害，中共南昌的領導機關被迫再次轉入地下。AB團封閉工會農會，瘋狂追殺共產黨人，現農協負責人江宗海犧牲。黃開湘向方誌敏彙報弋陽農協已經恢復，方誌敏指示他敵人進攻到哪裏，他們就反抗到哪裏。

蔣介石從南京給朱培德寄來了委任狀，任命他爲南京政府的政府委員，朱培德不屑一顧。此時李宗仁也從廣州前來與朱培德會面，朱培德見過他後安排下屬到武漢說服汪精衛和唐生智：寧漢雙方一旦內訌，北洋軍閥必然復興，革命同志會同歸於盡。方誌敏擔心朱培德和李宗仁會面後會達成某種默契。很快，汪精衛聽從了朱培德勸誡，與蔣介石通電話後決定繼續北閥。朱培德也達到了目的，在武漢南京都有了他的一席之地。此時，蔣介石派人送來電報，意與朱培德義結金蘭，並送其一箱貴重的見面禮。此時的劉九峯和方誌敏不由自主地擔心各地的農民自衛軍運動會激怒國民右派，使朱培德插手此事。

果不其然，蔣介石多次來電來函，請求朱培德釋放程天放等人並迅速分共，朱培德認爲當前寧漢對立，這些人放不得，他下令在監獄裏優待這些罪犯，不得罪共產黨，靜觀其變。

方誌敏得到宣金山的情報，AB團接到朱培德通知，將全面封鎖豫章大旅館，他知道以汪精衛爲首的武漢國民政府和以蔣介石爲首的南京國民政府已經合流了。朱德也前來通知方誌敏，朱培德有可能反目對他們下手，要提前做好轉移的準備。

組織安排繆細姩去武漢工作，方誌敏怕細姩不同意，安排邵式平做她的工作。中央派來的羅亦農到達南昌，傳達二個指示：第一將中共江西區委改爲中共江西省委，由羅亦農擔任書記，第二，保證南昌全城通輯同志的人身安全，必要時讓他們撤離南昌。羅亦農指示南昌地委，他們的工作今後要轉入地下。陳獨秀已經被停職了。方誌敏安排邵式平組織農民革命軍攻打弋陽和橫峯兩縣，因爲那裏關押了大批的革命同志。