陶晉告訴聶小倩自己已經找到神劍的藏匿地點，二人商議用聲東擊西的辦法偷取神劍。陶晉順利的從密室拿到神劍，當他正要和聶小倩逃走的時候，黑風率部下包圍了他們，原來他們倆的計謀早已被黑風識破，這一切都是黑風計劃好了的。

黑風說眼看自己就要成爲三界盟主，陶晉就是三界的少主了，爲什麼還要背叛自己。陶晉激動地說自己是黑風一手養大，他也想跟着師傅建功立業揚名立萬。但是他從小跟聶小倩和聶小環一起長大，跟她們也有很深厚的感情。可是黑風卻殘忍地殺害了聶夫人，當他決定和聶小環隱姓埋名，白頭到老的時候黑風卻又把聶小環害死了。

黑風說自己曾經多次告訴陶晉要成就大事不能有婦人之仁，陶晉卻說財富再多權勢再大都不如心中的那一份真愛，黑風不僅毀了自己的幸福，現在還要毀掉更多人的幸福。他慷慨激昂地說，爲了天下蒼生今天他也要除掉黑風，這是他活下去唯一該做的事情。

陶晉對聶小倩說是自己連累了她，他一定會讓聶小倩活着離開黑風寨。他請求聶小倩把他和聶小環合葬在一起。

黑風笑陶晉太狂妄，陶晉說自己現在手裏握有軒轅劍，一定能夠制服黑風。黑風告訴陶晉軒轅神劍威力無窮那只是古人的一個謊話，自己苦苦尋找神劍只因爲它是三界至高無上的象徵，擁有神劍他就是三界之神，可是軒轅神劍握在陶晉手中就只是一塊廢鐵。

陶晉不相信拿着神劍與樹妖搏鬥，可是神劍並沒有像傳說中那樣發出巨大的威力，果真只是一塊廢鐵。陶晉見狀爲了保全聶小倩用力把小倩拋出天外，黑風欲施展法力攻擊聶小倩，陶晉奮力阻擋被黑風打死。

陶晉臨死之前請求黑風放過天下蒼生，不要讓別人像他一樣飽受生離死別之苦，他更不想讓師傅落入萬劫不復之地。陶晉的死並沒有讓黑風醒悟，他瘋了一樣地抱着陶晉發誓要讓所有背叛他的人成爲陶晉的陪葬品。

黑風如願登上了三界盟主之位，他頒佈了三界新秩序，凡是不聽從他的號令者一律殺無赦。他命令部下清剿所有反對勢力，各大門派紛紛遭受到黑風寨的圍剿，三界蒼生苦不堪言。

赤眉道長召集燕赤霞、聶小倩等人要拼死除掉黑風，他告訴大家三天之後，天空將出現日月同輝的異象，到時世間萬物都將受到神力的影響，希望他們能夠藉助神力除掉黑風，成功失敗在此一舉。

燕赤霞、嚴雨生和聶仁用捉妖繩控制住了樹妖，他們通知黑風用神劍來換樹妖。黑風如約而至，他化作一縷縷黑煙無論衆人怎麼努力黑風仍然毫髮無損。黑風爲了追殺聶仁不惜殺死樹妖，衆人斥責黑風禽獸不如，塗炭生靈，殘害三界。

黑風揚言要殺死衆人，他把神劍插在祭壇中央，佈下黑風陣，黑風陣變化莫測就連赤眉道長也無法破解。寧採臣拔出軒轅神劍卻發現神劍毫無用處，聶小倩想起上次在炎帝陵墓兩人心意相通神劍才被激活，她把寧採臣拉到一旁，把自己的元丹吐出來餵給了寧採臣，她相信寧採臣身爲寧家後人定能制服黑風。

寧採臣手拿軒轅神劍站在神壇中央，奇蹟出現了，神劍驅散了黑風陣，本來一片陰霾的大地頓時恢復了光明，寧採臣把軒轅神劍擲向黑風，黑風頓時幻滅。

聶小倩沒了元丹生命即將走到盡頭，她含淚和大家告別。看到小倩的身軀慢慢消散在風中，大家都十分傷心。燕赤霞告訴寧採臣作爲一個修道之人自己的責任就是普渡衆生，他一定會再次找到小倩，助她修成正果。

君如磐石，妾如蒲葦。鶼鰈君妾，神劍橫出。曠野中寧採臣懷抱着一隻潔白的狐狸，寧採臣和聶小倩生生世世相戀，此情不渝，此愛不絕。

（此劇終）