川島正雄爲了擾亂根據地，密謀實施細菌戰，他佈置好了一切，將日本特種醫院作爲研製鼠疫細菌的根據地，並找來日本科學家原田太郎進行鼠疫細菌的生產，並利用特務組織進行細菌投放，同時他還命令巖鬆四郎保護好特種醫院的安全，嚴防共產黨地下組織的破壞。

根據地發現許多戰士和村民生病，症狀相似。八路軍總部醫院的外國專家愛德華大夫認爲發生了瘟疫，他向左東昇報告，左東昇讓他們積極展開治療，並且爲了村民着想，決定對感染鼠疫的村莊進行封閉。軍民協力展開了對抗鼠疫的大戰。

但根據地藥品缺乏，愛德華醫生希望儘快籌備藥品，左東昇同時命令各地敵工站和地下組織積極購買藥品，並查找病源，但無奈藥品緊缺，再加上抗戰形勢惡劣，很多病人得不到充足的藥品，岌岌可危。

於浩明得知了根據地的疫情，告訴老顧這可能並非是一場天災，而是日本進行的細菌戰，並且這和川島正雄以及C計劃都密切相關，自己會積極找出培植細菌的地方。

而在根據地，村民因爲鼠疫產生恐慌，對共產黨的封村產生質疑，特務郭奎因趁機煽風點火，村民去找共產黨理論，郭奎因利用村民與軍隊的衝突之機，在趙尚武舉槍之時，暗中開槍打死百姓，從而挑起雙方衝突加劇，矛盾激化。趙尚武向首長說明並非自己開的槍，首長對他們表示信任，但讓他們找出真正開槍的人，洗脫嫌疑。

於浩明找到王志東讓他調查研製鼠疫細菌的事，王志東向於浩明報告有一所日軍特種醫院十分可疑，於浩明決定前往偵查，懷疑它就是敵人的細菌工廠，他看到在門口與土橋爭吵的日本人原田太郎，覺得很可疑。原田太郎是位細菌專家，他的兩個哥哥戰死沙場，而他很傲慢也很有個性，因爲土橋不允許他擅自出去而感到憤怒。

特種醫院的守衛重重，很難進去，於浩明決定從那裏面的人身上上找到突破口，原田太郎的愛人芳子遭到日本軍官玷污，原田太郎趕到和他發生激烈衝突，王志東幫他殺死軍官，於浩明對他進行勸導，說他沒有回頭路，並答應保證原田太郎和芳子的安全，原田太郎答應和於浩明合作，幫助他們摧毀細菌倉庫。