程本直被袁崇煥的正直善良感動，決定留下來爲他效力。王在晉上書朝廷，彈劾袁崇煥擁兵自重，公然帶兵衝擊經略府衙，天啓皇上讓兵部尚書崔成秀當衆讀出奏摺，崔成秀懇請皇上撤掉袁崇煥，皇上聽信王在晉的一面之詞，對袁崇煥很失望。

范文程得知努爾哈赤狠狠教訓了莽古爾泰，就是因爲他屠殺無辜百姓，表面上是吧其他三兄弟支開，其實就是故意讓他們聽到，起到殺一儆百的效果，范文程對努爾哈赤佩服得五體投地，他還向皇太極彙報了一個好消息，王在晉和袁崇煥之間起了嫌隙。

孫承宗主動站出來爲袁崇煥辯解，還搬出王在晉貪墨官銀的事，並且說明王在晉和袁崇煥之間的嫌隙全是因爲八里堡重城，他提議讓皇上分別下旨讓王在晉和袁崇煥各自思過，再派一個欽差大人前去山海關徹查此事，皇上當即決定讓孫承宗做欽差。魏忠賢很惱火，一下朝就向情婦客氏大發牢騷，大罵孫承宗是老狐狸，想趁孫承宗不在京城的時候對付楊漣等人。

王在晉和滿桂列隊歡迎孫承宗，可孫承宗根本不領情，還藉口身體不適拒不接見王在晉，王在晉不想坐以待斃，又擔心袁崇煥先向孫承宗告狀。孫承宗不請自來，看到程本直和袁崇煥正在商議穩固邊防的對策，就沒有打擾他們，袁崇煥轉身看到孫承宗，孫承宗開門見山提醒他要以大局爲重，絕不可以衝動行事，程本直趕忙跪倒向孫承宗賠禮道歉。

王在晉帶着遼東的同僚來見孫承宗，孫承宗直截了當詢問他和袁崇煥的嫌隙，王在晉口口聲聲稱已經把所有賬目都整理清楚，並拿來讓孫承宗查閱，孫承宗看完賬目，沒有發現任何異常，孫承宗不動聲色隨手拿出一塊玉印，聲稱是翻牆而入的盜賊從他府中所偷，多虧守城御史當場抓獲，孫承宗決定在四周加一層院牆來防範盜賊，王在晉當場提出質疑，覺得加多少層院牆也無法抵禦盜賊，王在晉突然意識到孫承宗的用意，就是想阻止他在八里堡建重城，頓時啞口無言。

孫靈汐也想不明白袁崇煥爲何拼命反對王在晉修建重城，袁崇煥聲稱努爾哈赤的鐵騎驍勇善戰，即使多加一道城池也未必能阻擋，不但勞民傷財，反而會成爲明軍撤退的障礙。與此同時，孫承宗當面揭穿王在晉不抓緊時間想出禦敵之策，向朝廷要了三百萬兩銀子建重城，這是三十萬邊軍十年的俸祿，王在晉百般狡辯，孫承宗被徹底激怒，要用尚方寶劍把他處死，王在晉嚇得驚慌失措，自願辭去遼東經略的職務。

孫承宗給皇上送回一些工程圖紙，小太監突然發現圖紙旁邊還加了一段話，孫承宗已經查明王在晉貪墨官銀的罪行，而且王在晉已經自動辭官。魏忠賢站在一邊氣得咬牙切齒，立刻讓薛公公偷偷把那個多嘴的太監除掉，還派不認字的太監服侍皇上，擔心孫承宗和其他官員趁機向皇上進言，緊接着魏忠賢派東廠指揮使許顯純查封了熊廷弼的舊部。

許顯純來詔獄找熊廷弼攤牌，只要他拿出四萬兩銀子，就可以放他出去，熊廷弼卻視死如歸，把魏忠賢罵得狗血噴頭。許顯純不敢耽擱，向魏忠賢如實彙報，魏忠賢當場決定把熊廷弼殺了。袁崇煥向孫承宗彙報，他讓祖大壽親自負責寧遠城的加固和防守，而且興水縣堡的城防也開始動工，孫承宗對他千叮嚀萬囑咐。

薛公公帶來一個孫大聖的玩偶討好皇上，皇上無意中發現旁邊有一行小字，聲稱皇上是傀儡，薛公公謊稱是在熊廷弼的府上哪來的，皇上當即決定處死熊廷弼，魏忠賢借刀殺人的計劃終於圓滿完成，他心中暗喜。孫靈汐偷偷祭拜熊廷弼，不由地想起自己被冤死的父親，孫承宗很自責，十三年前他人微言輕，只能眼睜睜看着孫靈汐的父親被處死，現在又看着熊廷弼慘死卻束手無策，孫承宗的心裏很不是滋味。

范文程得知熊廷弼被殺，他的心裏很難受，他的父親一心爲國，卻含冤而死，范文程發誓要斬盡大明所有的貪官，爲父親報仇雪恨。袁崇煥想起熊廷弼對他的囑託傷心不已，他和祖大壽跪在孫承宗的府門口，苦苦懇求孫承宗，要領回熊廷弼的屍體，讓他入土爲安，孫承宗也無可奈何，讓他以大局爲重，帶兵加固寧遠城的防衛。