刘少奇回到延安的3个月后，中共中央政治局通过重大调整决议，推定毛泽东为政治局主席和中央书记处主席，刘少奇为军委副主席。由此，刘少奇成为了以毛泽东为核心的中共第一代领导集体的重要成员。

1943年，世界反法西斯战争的形势开始好转，中国的抗战也度过了最艰难时期。刘少奇一边继续指导华中斗争，一边投身正在全党展开的整风运动，他所著的《论共产党员的修养》被列入整风学习的主要文件。刘少奇指出，共产党人必须要学会鉴别真假马克思主义，毛泽东要求全党要惩前弊后，治病救人，只有党的作风正派，共产党才能和群众一起建立抗日民族统一战线。

蒋介石获悉共产党主要领导人刘少奇从江苏跑回了延安，大发雷霆，责令免去桑伯良副主任职务，专门留在情报组研究中共。他不解为什么连自己派的联络人徐参谋都在说刘少奇的好话。

徐参谋在延安读了《整风文献》后，中肯地告诉毛泽东，相比起共产党，已经半身不遂的国民党和政府军望尘莫及，他言明自己是三民主义信徒，对国共党争素无成见，但认为刘少奇写的《论共产党人的修养》极好，愿登门赐教。很快，刘少奇得知后亲自登门拜访了徐参谋，徐参谋恭敬地向刘少奇行了师礼求教，称自己虽为国民党军官，但自幼受父亲传统思想熏陶，认为刘少奇的文章充满了华夏民族人文精神和感召力，他特意做了摘抄。他年轻时也读过马克思恩格斯和共产主义的书，但后来放弃了，刘少奇说起徐参谋的经历和自己已是少将的昔日同窗十分相似。

1943初夏，期大林与共产国际为适应反法西斯战争的发展，促进美英等国开辟第二战场，并便于各国共产党独立自主地处理问题，做出了解散共产国际的决定。蒋介石得知消息欣喜若狂，立即下令实行政令统一军令统一，强制解散中国共产党。

王稼祥和刘少奇讨论当前应以毛泽东思想为基础，将马克主义中国化具体化，形成系统的理论体系。这时小钟心急火燎地向刘少奇求救，当初与他一起从长汀出来的十六人只剩下了四人，其中一人现在当了团长思想上却开了小差，马上要拉去枪毙，刘少奇下令不要草率处理。他理解中国共产党一直有个司令部在莫斯科，而现在共产国际解散了部分同志会六神无主。他和王嫁祥一致认为，中国革命经过二十二年磨的历，应确立毛泽东是中国共产党人最正确的领袖，中国共产党应高高举起自己旗帜，夺取抗战的胜利。

蒋介石密电胡宗南，利用共产国际解散的良好时机闪击延安，一举攻占陕甘宁边区。一个月内完成部署。此时在延安的徐参谋听到有人骂了蒋介石几句便绝食抗议，毛泽东反问胡宗南已喊出了宁不抗日也要反共的口号，自己又当如何？徐参谋无言以对，毛泽东让他给蒋介石带话，：蒋介石不相信天上会出两个太阳，毛泽东要给他看看，再过五到八年，看虎死谁手。

蒋介石听了徐参谋带回来的话后大为恼火，徐参谋坦言，若不改造国民党，国民政府决无政治前途。此时蒋介石又收到了美英国家对其停止军事援助的电报，他下令徐副官和桑伯良一起做中共研究。而此时狂妄的日军正秘密制订作战计划，企图打通纵贯南北的交通线。

徐副官向桑伯良说起了刘少奇，桑伯良不愿多谈。此后，蒋介石掀起多路进攻八路军新四军的攻势，因中共的有力应对和国际舆论的影响，蒋介石被迫暂停了消灭中共的幻想。

1944年4月至1945年2月期间，日军为打通从中国华北到越南的交通线，于河南、湖南和广西发动大规模攻势，即一号作战计划，中国在豫湘桂战场上损兵约六十万，四个省会和一百四十多座城池失守，丧失国二十多万平方公里。而中国共产党在华北华中地区解放了十几个大区域，毛泽东致电全军全党，解放区要向日军的敌后方大胆挺进，把国民党丢掉的区域都夺回来。刘少奇建议新四军八路军部队更名为解放军，毛泽东认为极好。

1945年4月，中共七大在延安召开。在七大会议上，会议号召，解放区军民实施军事战略改变和全面反攻。刘少奇作《关于修改党章的报告》，第一次对毛泽东思想做了完整概括和系统阐述。刘少奇当选为中央委员，并在七届一中全会当选为政治局委员和军委副主席，自此以毛泽东为核心，以刘少奇、周恩来朱德等同为书记处成员的第一代领导集体正式形成。另一边的蒋介石收集到七大材料后，命徐参谋交到中央党部。

1945年8月，苏联红军对中国东北的侵华日军发起总攻，日本关东军迅速土崩瓦解。美军在日本长崎投下第二枚原子弹，造成毁灭性伤亡。得知这一消息的中共领导人喜极而泣，毛泽东立即发电全国，动员一切力量组织全国规模的大反攻，举行对日最后一战。蒋介石命令日军驻华指挥官维持现状，国民党军队向日军积极推进。

1945年8月25日，共产党借用美军驻延安观察组的运输飞机，将刘伯诚、陈毅、林彪、邓小平等二十余名党政军领导送往位于太行山的长宁机场，对便他们及时奔走前线，指挥对日伪军残余力量的最后一击。

蒋介石迫于美国、英国和斯大林的压力，综合共产党在华北华中地区的实力，不得已拟电邀请毛泽东去重庆谈判，共商和平大计。毛泽东提议在他去重庆期间，由刘少奇代理他的职务。