狄府外重兵把守，狄仁傑見此便讓元芳馬上去將張柬之和國師弘毅請到府內，然後再查探下近期內是否有武氏子弟意外身亡的消息。狄府前門重病把守他們自是進不去，鄰居家的密道也走不得，狄仁傑只好巧用爆竹之計從後門中的暗道回進入狄府。

狄春不解狄仁傑爲何不留在沈府，反倒要重回狄府。狄仁傑只道自己家裏纔是最安全的，他在狄府發現了四個可疑的點。第一，打掃房屋讓客人入住是人之常情，但是將客廳佈置一新則大可不必。第二，這種大戶人家端茶的理應是女僕，他卻用了一個笨手笨腳的壯漢，還有這個僕人的服飾和新用的抹布都是新的，這不合常理。第三，這個僕人灑了茶水之後慌忙道歉，說在下該死，在下這個詞一般是江湖中人才用得到。第四點則是那個香爐，他在香爐上發現了血跡，聯繫到這一系列的反常，他猜想在他們到達之前那裏可能發生過一場血案，所以這纔將客廳佈置一新，目的就是爲了僞造現場。

張柬之與國師到府後，狄仁傑將此行的收穫告訴了他們。陽明宮不過是幾間破草屋而已，別說是青銅樹，就連一件青銅器皿他們都未曾找到，不過倒是找到了一個三辰儀。國師一見到三辰儀便認出了此物，此物乃是他的恩師李淳風精研多年之物，能察天象識地理，神祕莫測。話畢，他拿出了一張青銅樹畫紙一番侃侃解說。調查陽明宮一事只有國師與太平公主兩人知曉，可消息卻無端走漏，現在國師對着這三辰儀又一番侃侃解說，還帶着圖紙，狄仁傑突然想起忘風道長的坐化極有可能還有另一層含義，現在他最好的辦法就是與之周旋，因勢利導。

國師帶着圖紙和三辰儀給狄仁傑、張柬之做了進一步的研究和講解。而另一邊，元芳也奉命來調查武氏子孫的靈堂，他到棺木旁查看卻意外發現棺木底是空的，恰巧此時，靈堂旁邊的一密室打開了門，幾人從密室中走出。待幾人走遠後，元芳進入了密室查看，密室之中是一處染坊，蹊蹺的是裏邊所染的布居然是黑色的，而且邙山寺的供奉的那尊蛇妖像也出現在了這裏，元芳想上前查看卻無意中發現了另一些東西，在沉家堡攻擊他們那些人所穿着的黑衣服、箭頭以及黑蛇，元芳看這一切似乎是明白了什麼，他收集了一塊黑布打算帶回去給狄仁傑查看。

密室之中突然出現了另一神祕黑衣人，元芳與她交起手來，最終神祕黑衣人被元芳打倒在地。元芳上前揭開了黑衣人的面罩，這才發現她居然是南雁。兩人離開了密室之後元芳問起南雁是否跟蹤他，南雁只道元芳想太多了，便向前離去。

國師向狄仁傑和張柬之講解了青銅樹其中的玄妙，狄仁傑認爲此事有必要讓朝中百官知曉，而他現如今是戴罪之身不便出面，此事只好讓張柬之來完成。國師和張柬之離開後，元芳也回到了狄府，他告訴狄仁傑事情確實是如狄仁傑所料，現所有的線索他已經掌握了，狄仁傑決定明日就開始反擊。

第二日，張柬之在朝堂之上告訴衆人他已經破解了青銅樹的祕密，他讓武三思在今晚子時將文武百官召集到上陽宮的青銅樹前，他將爲衆人揭密。子夜時分，國師帶着三辰儀來到了青銅樹前，他將三辰儀放到了青銅樹前道出一番深刻含義的話，武三思認爲國師與張柬之就是在胡說八道，妖言惑衆，便想命人將他們押入大理寺。恰巧此時，太平公主帶着另一節青銅樹枝也趕到了上陽宮，她將青銅樹枝安上去之後國師道出了青銅樹上的偈語，偈語中有着挽救武周王朝的辦法。

武三思與武懿宗認爲國師就是在危言聳聽，兩人仗着自己手中的權力想以太平公主盜走青銅枝條，挾持陛下爲由拿下太平公主，太平公主亮出了自己的免死金牌，可兩人還是依舊不肯罷休。就在此時，國師身旁的隨從卻亮明身份，站了出來爲太平公主說話，原來這兩人竟是戴着人皮面具的狄仁傑與李元芳。

狄仁傑告訴衆人取走青銅枝條和轉移陛下一事皆是他與元芳所爲，與太平公主無任何關係。武三思聽此還想仗着自己的權利取了狄仁傑的性命，狄仁傑聽道他的命只有當今天子纔可以定奪。話畢，他便請了武則天出來臨朝聽政。武三思和武懿宗看到武則天都大喫一驚，連忙聲聲爲自己辯解，將事情都推到了狄仁傑身上。幸虧是武則天明察秋毫，她一道旨意恢復了狄仁傑的官位。

朝堂上，狄仁傑爲衆人解開疑惑。原來從大震以來所發生的種種案件均是一個危害天下且圖謀深險的逆賊組織所爲，他們的目的便是要借天災而興人禍，先以蛇蟲製造恐怖輿論，繼而以奪糧撼動朝廷的權威，然後將這一切都假以天罰的藉口蠱惑民心，崩潰朝政，最後便趁着天下大亂之時，用搶奪來的賑災糧籠絡災民，以響應他們振臂一呼，與武皇爭奪天下。

武則天對狄仁傑此次立的功勞大加讚賞，隨即狄仁傑也爲他們解開了青銅樹中玄機。兇手在青銅樹上下了劇烈的蛇毒，而武皇與太平公主所用的脣紙之中也潛藏着毒素，兩種毒素能夠相互作用，通過呼吸進入人體，毒發傷人，因此武皇和公主是將此毒素吸入了體內，這才先後中毒。